Polimorfno kandidatno mesto, povezano z nalaganjem maščobe, je metilirano v promotorju gena TFAM pri govedu

Tanja KUNEJ, Zeping WANG, Jennifer J. MICHAL, Peter DOVČ, Nancy S. MAGNUSON, Zhihua JIANG

Povzetek


Mitohondrijski transkripcijski faktor A (TFAM) je v jedru kodiran mitohondrijski protein, ki igra pomembno vlogo pri energetskem metabolizmu in je kandidatni gen za nalaganje maščobe pri govedu in človeku. V raziskavi smo opredelili metilacijski status promotorja gena TFAM pri govedu na polimorfnem mestu rs42159487C>T, ki je bil v predhodnih objavah povezan z nalaganjem maščobe. Rezultati so pokazali, da je citozin na mestu tega polimorfizma metiliran in zato povzroča pridobitev/izgubo funkcionalnega CpG lokusa (5mC>T). S promotorskim konstruktom, razvitim na osnovi treh polimorfizmov gena TFAM, smo dokazali, da je haplotip C/C/C, povezan z višjo vsebnostjo maščobe, imel nižjo promotorsko aktivnost v primerjavi s haplotipom A/T/T. Rezultati nakazujejo, da predstavlja genetska variabilnost, povezana s pridobitvijo/izgubo CpG mest v jedru kodiranih mitohondrijskih proteinov, dobre kandidatne lokuse za študij genetskega ozadja nalaganja maščobe.

Ključne besede


govedo; genetika; genetski polimorfizem; kandidatni geni; promotorji genov; TFAM; metilacija DNA; CpG otok; nalaganje maščobe

Celotno besedilo:

PDF (English)

Literatura


Hudson, N. J., Lehnert, S. A., & Harper, G. S. (2008). Obese humans as economically designed feed converters: symmorphosis and low oxidative capacity skeletal muscle. Med Hypotheses, 70(3), 693–7. doi:10.1016/j.mehy.2007.05.042

Jiang, Z., Kunej, T., Wibowo, T. A., Michal, J. J., Zhang, Z., Gaskins, C. T., ... Wright, R. W. jr. (2006). The basal nucleus-encoded mitochondrial transcription genes and meat quality in beef cattle. In Proceedings of the 8th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (pp. 22–24).

Jiang, Z., Kunej, T., Michal, J. J., Gaskins, C. T., Reeves, J. J., Busboom, J. R., ... Wright, R. W. (2005). Significant associations of the mitochondrial transcription factor A promoter polymorphisms with marbling and subcutaneous fat depth in Wagyu × Limousin F2 crosses. Biochemical and Biophysical Research Communications, 334(2), 516–523. doi:10.1016/j.bbrc.2005.06.120

Jiang, Z., Michal, J. J., Chen, J., Daniels, T. F., Kunej, T., Garcia, M. D., ... Macneil, M. D. (2009). Discovery of novel genetic networks associated with 19 economically important traits in beef cattle. International Journal of Biological Sciences, 5(6), 528–542. doi:10.7150/ijbs.5.528

Jiang, Z., Wang, Z., Kunej, T., Williams, G. A., Michal, J. J., Wu, X. L., & Magnuson, N. S. (2007). A novel type of sequence variation: multiple-nucleotide length polymorphisms discovered in the bovine genome. Genetics, 176(1), 403–407. doi:10.1534/genetics.106.069401

Kunej, T., Jevšinek Skok, D., Zorc, M., Ogrinc, A., Michal, J. J., Kovač, M., & Jiang, Z. (2013). Obesity gene atlas in mammals. Journal of Genomics, 1, 45–55. doi:10.7150/jgen.3996

Kunej, T., Wang, Z., Michal, J. J., Daniels, T. F., Magnuson, N. S., & Jiang, Z. (2007). Functional UQCRC1 polymorphisms affect promoter activity and body lipid accumulation. Obesity (Silver Spring), 15(12), 2896–2901. doi:10.1038/oby.2007.344

Li, L. C., & Dahiya, R. (2002). MethPrimer: designing primers for methylation PCRs. Bioinformatics, 18(11), 1427–1431. doi:10.1093/bioinformatics/18.11.1427

Wilson-Fritch, L., Burkart, A., Bell, G., Mendelson, K., Leszyk, J., Nicoloro, S., ... Corvera, S. (2003). Mitochondrial biogenesis and remodeling during adipogenesis and in response to the insulin sensitizer rosiglitazone. Molecular and Cellular Biology, 23(3), 1085–1094. doi:10.1128/MCB.23.3.1085-1094.2003




DOI: http://dx.doi.org/10.14720/aas.2016.108.2.1

Povratne povezave

  • Trenutno ni nobenih povratnih povezav.


Avtorske pravice (c) 2016 Tanja KUNEJ, Zeping WANG, Jennifer J. MICHAL, Peter DOVČ, Nancy S. MAGNUSON, Zhihua JIANG

##submission.license.cc.by-nc-nd4.footer##

 

Acta agriculturae Slovenica je odprtodostopna revija, ki objavlja pod pogoji licence Creative Commons Priznanje avtorstva (CC BY).

                     


eISSN 1854-1941